Hypotalamus mm. mittaa veren koostumusta ja sillä perusteella ohjailee aivolisäkkeen toimintaa. Lisäksi hypotalamus valmistaa aivolisäkkeen takalohkon hormonit (takalohko toimii lähinnä varastona näille).
Aivolisäkkeen etulohko sen sijaan ohjaa hypotalamuksen säätelemänä muita umpirauhasia.
Hypotalamus erittää statiineja ja liberiinejä. Statiinit vähentävät aivolisäkkeen jonkun hormonin eritystä (esim. stomatostatiini vähentäää somatotropiinin eritystä) ja liberiinit vastaavasti lisäävät eritystä.
Aivolisäkkeen etulohkon erittämät tropiinit lisäävät tietyn umpirauhasen toimintaa (esim. tyreotropiini kilpirauhasen).
Yksinkertaistetusti siis hypotalamus -> aivolisäke -> umpirauhaset.
Tähän ketjuun liittyy myös olennaisena osana palautesäätely.